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Au début de l'année 2013, les rebelles poursuivent leur avancée dans le nord de la Syrie. Le 11 janvier 2013, dans le gouvernorat d'Idleb, la base aérienne de Taftanaz, la plus grande du nord du pays, est prise par le Front al-Nosra, Ahrar al-Cham et l'Armée syrienne libre après deux mois d'assaut. Près du Lac el-Assad, entre Alep et Raqqa, les rebelles prennent la ville de Tabqa le 11 février, puis l'aéroport d'Al-Jirah le 12. Le 14 février, le Front al-Nosra s'empare de la ville d'Al-Chaddadeh, au sud de Hassaké, après deux jours de combats et la mort d'une centaine de soldats syriens. Début mars, le Front al-Nosra prend la ville de Yaaroubiyé, ainsi que son poste-frontière avec l'Irak. Enfin le 6 mars, après trois jours de combats et plus d'une centaine de morts, la ville de Raqqa est prise par les forces d'Ahrar al-Cham, du Front de libération de Raqqa et du Front al-Nosra. Raqqa est la première capitale d'un gouvernorat à tomber aux mains de la rébellion depuis le début du conflit. Le 9 avril 2013, l'État islamique en Irak et au Levant (EIIL) apparaît en Syrie lorsque Abou Bakr al-Baghdadi annonce la fusion de son groupe, l'État islamique d'Irak, avec le Front al-Nosra, dirigé par Abou Mohammed al-Joulani. Cependant, la question divise le Front al-Nosra : certains djihadistes prêtent allégeance à Abou Bakr al-Baghdadi, mais Abou Mohammed al-Joulani et une partie de ses troupes refusent la fusion.
Sources : fr.wikipedia.org
L'État islamique en Irak et au Levant commence à s'implanter à Raqqa peu de temps après la chute de la ville, avant de prendre progressivement l'ascendant avec des assassinats et des affrontements ponctuels contre d'autres groupes rebelles.
Sources : fr.wikipedia.org
Cependant, si les rebelles continuent de progresser au nord de la Syrie, les loyalistes regagnent du terrain sur les fronts de Damas et de Homs, notamment avec l'intensification à partir de février de l'intervention militaire de la milice libanaise chiite du Hezbollah. À Damas, une offensive menée par l'armée à l'est de la capitale permet au régime d'encercler les rebelles dans la Ghouta orientale le 7 avril. Près de Homs, le Hezbollah et l'armée syrienne avancent vers la ville stratégique de Qousseir, qui garde la principale voie d'approvisionnement en armes pour les rebelles de Homs. Le 19 mai, après la reconquête de plusieurs villages, le Hezbollah et les forces du régime syrien sont aux portes de la ville. Les combats durent environ deux semaines et les rebelles subissent de très lourdes pertes : environ 500 morts et un millier de blessés. Le 5 juin, l'ASL se retire de Qousseir qui est entièrement reconquise par le régime syrien. L'armée syrienne et le Hezbollah lancent ensuite en juillet une offensive à l'intérieur de la ville Homs qui leur permet de reprendre le quartier de Khaldiyé, le plus grand de la ville aux mains des insurgés. Les rebelles ne conservent alors plus à Homs essentiellement que la vieille ville, où ils sont isolés et encerclés.
Sources : fr.wikipedia.org
À l'ouest de la Syrie, dans le gouvernorat de Tartous, majoritairement alaouite et pro-gouvernemental, l'armée syrienne et les Forces de défense nationale attaquent le 2 mai les rebelles dans l'îlot sunnite d'al-Bayda. Les forces de l'opposition sont chassées de la zone mais après leur victoire, les loyalistes commettent des massacres à al-Bayda et dans le quartier de Ras al-Nabaa, à Banias. Au moins 248 à 450 civils sont tués, dont des femmes et des enfants.
Sources : fr.wikipedia.org
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